Die gegenwärtige Geschichte des Protestantismus in Lyon ist eng mit der Stadt selbst verwoben, und ihre Wurzeln reichen tief in das 16. Jahrhundert zurück. Nach der Reformation gewannen die ersten reformatorischen Ideen durch Fleißige Händler und Gewerbetreibende langsam Bedeutung. Lyon, als führendes Handelszentrum, bot eine vorteilhafte Umge